发起人协议是发起人为设立公司而签订的有关发起人之间在设立公司过程中权利义务的协议。在公司依法成立后，发起人协议的效力能否由公司章程替代，成为公司自治的准则?
笔者认为，出资协议与公司章程的目标是一致的，都是以设立公司为目的，两者在内容上也常有类似或想通之处。公司章程一般以出资协议为基础进行制订，吸收出资协议的基本内容，两者有联系又有区别。发起人协议与公司章程并非前后替代的关系，发起人协议是股东为设立公司而约定的发起人之间权利义务的协议，其性质属于合同，属于合同法调整范围。而公司章程作为公司设立必备的程序，是公司设立过程中进行备案登记必不可少的文件，亦是公司治理的重要依据，更多的体现了商事行为，属于公司法调整范围。发起人协议与公司章程并非完全相同，一一对应的关系，发起人协议更多体现发起人之间的权利义务关系，而公司章程更多的体现公司与股东关系、公司治理等内容。因此，两者并非前后替代关系，而是并行有效的关系，公司依法成立并不意味着发起人协议即宣告失效。实践中，当发起人协议与公司章程发生冲突的情形下如何判断，本文试作简要分析论述如下：
情形一：重视体现发起人设立公司的本意
该种观点认为，当发起人协议与公司章程存在冲突时，应该以发起人协议为准。因为发起人协议最能体现公司发起人的本意，现实中，因各种原因，往往存在发起人协议内容与公司章程不一致的情形，这些原因或因规避法律禁止性、限制性规定，为使工商备案顺利通过而隐瞒真实情况，如代持出资等，尤其当新进股东与原始股东之间发生分歧时，应该考察现象下的本质，保护原始股东即发起人的根本利益。
虽然公司法没有明确规定，但合伙企业法有明文规定：合伙人应签订合伙协议，作为合伙企业的根本准则。同时，合伙企业可以制定合伙章程，合伙章程是合伙企业治理的依据，若合伙章程与合伙协议有冲突时，应该以合伙协议为准。作为人合性较强的有限责任公司，股东之间的人身信赖更显得尤为重要，若因股东之间失去信赖导致矛盾，势必会影响公司乃至其他股东的利益。因此，参考合伙企业法的相关规定，推论出发起人协议优先适用的原则。
现实中，不少法院的做法亦是如此。比如，当隐名股东与名义股东就代持股份发生纠纷时，法院往往会审查两者之间有无代持协议，以及发起人协议的约定，由表现剖析本质，维护真正出资人的合法权益。
综上，当发起人协议与公司章程存在冲突时，应透过现象看本质，倾向于以发起人协议为准的原则，保护公司创始人的利益，维护创始人的创业意图。
情形二：重视公司章程对外公示力
正常情况下，公司章程往往是以设立协议为基础而制定的。设立协议的主要内容，通常都会被公司章程所吸收。然而，公司设立协议的效力期限，一般止于公司成立。也就是说，公司一旦成立，则公司设立协议的效力就终止了，有关公司设立与经营管理的相关事项，均应由公司章程予以规范。现实生活中，公司章程大多是在公司设立协议之后签署的。根据法律文件的时间效力判断，以公司章程为准符合公司成立的时间先后逻辑。
另外，公司设立协议是内部协议，除参与签约的股东之外，甚至公司董事等高级管理人员均可能不知其内容。而公司章程是公开文件，我国《公司法》第97条、第98条还特别规定，公司公开发行股票或公司债券必须公开披露公司章程。公司章程的公开性，是为了有助于公司投资者、债权人以及交易对象可以了解公司的组织与运行，并据此做出判断。所以，对社会公众而言，章程的效力必须高于公司设立协议。
在司法实践中，当事人在公司设立之后，再以公司设立协议为依据而提出民事诉讼，要求追究股东出资义务、请求确认设立协议无效而解散公司等等，法院一般不予支持。
情形三：设立协议作为章程补充
还有一种情形，即公司章程中未规定的事项，股东在公司设立协议中予以约定的，对该约定时签约的股东继续有效。虽然公司设立协议一般只约定设立过程中的相关权利义务，但也有一些公司设立协议中会就公司的存续甚至今后解散的相关事项做出约定。这些约定，如果公司章程中没有明确规定，又不违反法律的强制性规定的，则可以继续有效，当然，其法律效力仅局限在签约的股东之间。
需要注意的是，公司章程是公司宪法，对公司经营管理事项作出的规定，其制订、修改等均应按照法律规定进行，公司治理离不开合法、有效的公司章程。因此，对《公司法》明确规定“公司章程另有规定的除外”之条款，股东之间如需另行约定的，必须在章程中予以确定，公司设立协议不具备排除法律适用的效力。例如，《公司法》第43条规定：“股东会会议南股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。”如公司章程中未作特别规定，则即使股东在公司设立协议中约定不按出资比例行使表决权，也不能对抗该法律规定，即股东仍应按出资比例行使表决权。
综上，为避免出现发起人协议与公司章程间发生冲突，在制定公司章程时，有必要参考发起人协议的内容，将发起人协议的内容吸收进公司章程之中，力争体现内外意志的统一性。
